La Representación Legal  o Rectoría de la Universidad de los Pueblos Pastos y Quillasingas es la primera autoridad ejecutiva de dónde se dirige la universidad y las funciones de gobernanza no son compatibles o iguales a la autoridad ejercida por el Consejo Mayor de Gobernanza Universitaria. En consecuencia, es un órgano encargado de ejecutar de forma práctica y estratégica las políticas y directrices en el orden académico, administrativo, organizativo y financiero, así mismo de proponer y ejecutar proyectos y planes del alcance institucional en cumplimiento de las normas constitucionales, legales, estatutarias y reglamentarias de la presente institución y se conformará por: