Las Casas de Pensamiento son las divisiones académico-investigativas que movilizan los tejidos y caminos del saber, los sistemas de vida, saberes y cosmocimientos de los pueblos y los campos de investigación. En estas casas se concentran o agrupan programas de estudio académico multidisciplinario, donde igualmente se vinculan, los maestros investigadores y maestros del saber territorial que se especializan en un área específica del conocimiento y las sabidurías de los pueblos.

La Universidad de los Pueblos Pastos y Quillasingas creará y distribuirá sus casas de pensamiento en primera instancia en el territorio de los Pastos: zona de Ipiales, Cumbal, Guachucal, Túquerres y del Pueblo de los Quillasingas respectivamente, sin perjuicio de poder disponer más casas de pensamiento en el ámbito territorial, regional, nacional y global que se requieran y puedan atender a los requerimientos y necesidades de los pueblos. 

Para el funcionamiento, la toma de decisiones e implementación de procesos educativos en cada Casa de Pensamiento, se crea el Consejo de Sabedores y Comunidades de Conocimientos y es el órgano encargado de formular, diseñar y proponer al consejo de dirección académica y de investigaciones, entre otros asuntos: la creación de nuevos procesos y campos de investigación, casas de pensamiento y programas académicos