Se considera programa académico, al espacio, donde se desarrollan y confluyen los procesos de investigación y formación integral diseñados para alcanzar los objetivos de la universidad. Aquí confluyen además, las metodologías de la enseñanza-aprendizaje, los tejidos y caminos del saber, los enfoques teórico-prácticos que tienen relación con los saberes y conocimientos propios, no propios y apropiados. Entre tanto buscan implementar los Sistemas de Pensamientos, Cosmocimientos y Sabidurías de los Pueblos relacionados con las CIENCIAS DE LA VIDA, La Tierra, los Territorios y Territorialidades con las CIENCIAS DE LA TIERRA, y los procesos culturales, organizativos y desarrollo tecnológico enfocados a las CIENCIAS PARA VIVIR BIEN.

La dirección y el funcionamiento de los programas académicos de la universidad estará a cargo del Comité de Programa Académico y es la primera instancia donde se toman las decisiones, recomendaciones y sugerencias.